;;; MARTINI 2.1 coarse-grained topology ;;;;; Martini lipid topology for Pseudomonas aeruginosa Lipid A (Lipopolysaccharide) ;;;;;;;;;;; ; ; Reference(s): ; Ma, Huilin, Flaviyan Jerome Irudayanathan, Wenjuan Jiang, and Shikha Nangia. "Simulating Gram-negative bacterial outer membrane: ; a coarse grain model." The Journal of Physical Chemistry B 119, no. 46 (2015): 14668-14682. ; ; Created by Huilin Ma and Shikha Nangia 2015.09.15 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; [moleculetype] ;molname exclusions PARU 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge 1 P2 1 XYA L1 1 0.000 ; 2 P5 1 XYA L2 2 0.000 ; 3 P4 1 XYA L3 3 0.000 ; 4 P1 1 XYA L4 4 0.000 ; 5 Qa 1 XYA L5 5 -1.000 ; 6 C1 1 LP1 L6 6 0.000 ; 7 C1 1 LP1 L7 7 0.000 ; 8 C1 1 LP1 L8 8 0.000 ; 9 Na 1 LP1 L9 9 0.000 ; 10 C1 1 LP1 L10 10 0.000 ; 11 C1 1 LP1 L11 11 0.000 ; 12 C1 1 LP1 L12 12 0.000 ; 13 P2 1 SYB L13 13 0.000 ; 14 P1 1 SYB L14 14 0.000 ; 15 P1 1 SYB L15 15 0.000 ; 16 P5 1 SYB L16 16 0.000 ; 17 Qa 1 SYB L17 17 -1.000 ; 18 C1 1 LP1 L18 18 0.000 ; 19 C1 1 LP1 L19 19 0.000 ; 20 C1 1 LP1 L20 20 0.000 ; 21 Na 1 LP1 L21 21 0.000 ; 22 C1 1 LP1 L22 22 0.000 ; 23 C1 1 LP1 L23 23 0.000 ; 24 C1 1 LP1 L24 24 0.000 ; 25 Na 1 LP2 L25 25 0.000 ; 26 C1 1 LP2 L26 26 0.000 ; 27 C1 1 LP2 L27 27 0.000 ; [ bonds ] ; i j funct length force.c. 14 15 1 0.292 17000 ; 14 13 1 0.317 17000 ; 13 15 1 0.272 17000 ; 15 17 1 0.303 17000 ; 13 16 1 0.266 17000 ; 15 25 1 0.300 17000 ; 25 26 1 0.376 17000 ; 26 27 1 0.546 17000 ; 16 18 1 0.366 17000 ; 18 21 1 0.297 17000 ; 18 19 1 0.445 17000 ; 19 20 1 0.386 17000 ; 21 22 1 0.367 17000 ; 22 23 1 0.452 17000 ; 23 24 1 0.381 17000 ; 13 4 1 0.357 17000 ; 4 1 1 0.307 17000 ; 4 3 1 0.240 17000 ; 1 3 1 0.289 17000 ; 1 5 1 0.270 17000 ; 1 2 1 0.313 17000 ; 2 6 1 0.368 17000 ; 6 9 1 0.293 17000 ; 9 10 1 0.366 17000 ; 10 11 1 0.447 17000 ; 11 12 1 0.375 17000 ; 6 7 1 0.450 17000 ; 7 8 1 0.388 17000 ; [angles] ; i j k funct angle force.c. 14 15 17 2 87.00 50. ; 14 13 15 2 59.00 50. ; 13 15 25 2 101.00 50. ; 15 25 26 2 134.00 50. ; 25 26 27 2 167.00 50. ; 14 15 13 2 68.00 50. ; 13 16 18 2 63.00 50. ; 16 18 21 2 72.00 50. ; 16 18 19 2 169.00 50. ; 18 19 20 2 165.00 50. ; 18 21 22 2 94.00 50. ; 21 22 23 2 156.00 50. ; 13 4 3 2 107.00 50. ; 4 3 1 2 70.00 50. ; 3 1 5 2 51.00 50. ; 3 2 6 2 93.00 50. ; 2 6 9 2 72.00 50. ; 6 9 10 2 118.00 50. ; 9 10 11 2 123.00 50. ; 10 11 12 2 164.00 50. ; 6 7 8 2 170.00 50. ;