;;; MARTINI 2.1 coarse-grained topology ;;;;; Martini lipid topology for Pseudomonas aeruginosa Lipid A+core oligosaccharides (Lipopolysaccharide) ;;;;;;;;;;; ; ; Reference(s): ; Ma, Huilin, Flaviyan Jerome Irudayanathan, Wenjuan Jiang, and Shikha Nangia. "Simulating Gram-negative bacterial outer membrane: ; a coarse grain model." The Journal of Physical Chemistry B 119, no. 46 (2015): 14668-14682. ; ; Created by Huilin Ma and Shikha Nangia 2015.09.15 ;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;; [moleculetype] ;molname exclusions PARC 1 [atomsi] ; id type resnr residu atom cgnr charge 1 P1 1 GBL L1 1 0.000 ; 2 P4 1 GBL L2 2 0.000 ; 3 P1 1 GBL L3 3 0.000 ; 4 P1 1 HAL L4 4 0.000 ; 5 P4 1 HAL L5 5 0.000 ; 6 N0 1 HAL L6 6 0.000 ; 7 P1 1 GAL L7 7 0.000 ; 8 P4 1 GAL L8 8 0.000 ; 9 P1 1 GAL L9 9 0.000 ; 10 P1 1 GAS L10 10 0.000 ; 11 P4 1 GAS L11 11 0.000 ; 12 P1 1 GAS L12 12 0.000 ; 13 P1 1 GBS L13 13 0.000 ; 14 P1 1 GBS L14 14 0.000 ; 15 P4 1 GBS L15 15 0.000 ; 16 C1 1 WLL L16 16 0.000 ; 17 N0 1 WLL L17 17 0.000 ; 18 Qa 1 WLL L18 18 -1.000 ; 19 P2 1 WLL L19 19 0.000 ; 20 P1 1 WLL L20 20 0.000 ; 21 P1 1 JH1 L21 21 0.000 ; 22 P1 1 JH1 L22 22 0.000 ; 23 P1 1 JH1 L23 23 0.000 ; 24 P5 1 JH1 L24 24 0.000 ; 25 C1 1 LKO L25 25 0.000 ; 26 Qa 1 LKO L26 26 -1.000 ; 27 P2 1 LKO L27 27 0.000 ; 28 N0 1 LKO L28 28 0.000 ; 29 P4 1 LKO L29 29 0.000 ; 30 C1 1 OKO L30 30 0.000 ; 31 Q0 1 OKO L31 31 -1.000 ; 32 P4 1 OKO L32 32 0.000 ; 33 N0 1 OKO L33 33 0.000 ; 34 P4 1 OKO L34 34 0.000 ; 35 N0 1 PH2 L35 35 0.000 ; 36 P2 1 PH2 L36 36 0.000 ; 37 P2 1 PH2 L37 37 0.000 ; 38 P4 1 PH2 L38 38 0.000 ; 39 Qa 1 PH2 L39 39 -1.000 ; 40 Qa 1 PH2 L40 40 -1.000 ; 41 Qa 1 PH2 L41 41 -1.000 ; 42 P2 1 XYA L42 42 0.000 ; 43 P5 1 XYA L43 43 0.000 ; 44 P4 1 XYA L44 44 0.000 ; 45 P1 1 XYA L45 45 0.000 ; 46 Qa 1 XYA L46 46 -1.000 ; 47 C1 1 LP1 L47 47 0.000 ; 48 C1 1 LP1 L48 48 0.000 ; 49 C1 1 LP1 L49 49 0.000 ; 50 Na 1 LP1 L50 50 0.000 ; 51 C1 1 LP1 L51 51 0.000 ; 52 C1 1 LP1 L52 52 0.000 ; 53 C1 1 LP1 L53 53 0.000 ; 54 P2 1 SYB L54 54 0.000 ; 55 P1 1 SYB L55 55 0.000 ; 56 P1 1 SYB L56 56 0.000 ; 57 P5 1 SYB L57 57 0.000 ; 58 Qa 1 SYB L58 58 -1.000 ; 59 C1 1 LP1 L59 59 0.000 ; 60 C1 1 LP1 L60 60 0.000 ; 61 C1 1 LP1 L61 61 0.000 ; 62 Na 1 LP1 L62 62 0.000 ; 63 C1 1 LP1 L63 63 0.000 ; 64 C1 1 LP1 L64 64 0.000 ; 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4 5 6 2 67.00 50. ; 1 4 9 2 149.00 50. ; 6 4 9 2 68.00 50. ; 4 9 8 2 111.00 50. ; 9 8 7 2 79.00 50. ; 9 7 19 2 63.00 50. ; 7 19 13 2 140.00 50. ; 10 11 12 2 73.00 50. ; 11 12 10 2 47.00 50. ; 11 10 14 2 105.00 50. ; 14 15 13 2 77.00 50. ; 14 13 19 2 83.00 50. ; 19 20 16 2 42.00 50. ; 19 16 17 2 99.00 50. ; 16 17 18 2 95.00 50. ; 16 22 21 2 98.00 50. ; 21 22 23 2 70.00 50. ; 22 23 24 2 131.00 50. ; 21 36 41 2 125.00 50. ; 23 36 41 2 122.00 50. ; 36 37 35 2 58.00 50. ; 36 37 40 2 110.00 50. ; 36 35 38 2 112.00 50. ; 35 38 39 2 134.00 50. ; 37 38 39 2 134.00 50. ; 35 27 28 2 91.00 50. ; 27 28 29 2 117.00 50. ; 27 25 26 2 140.00 50. ; 28 25 26 2 106.00 50. ; 28 27 25 2 50.00 50. ; 35 27 30 2 108.00 50. ; 30 32 33 2 52.00 50. ; 32 33 30 2 63.00 50. ; 33 30 31 2 105.00 50. ; 32 33 34 2 110.00 50. ; 25 55 56 2 133.00 50. ; 55 56 58 2 87.00 50. ; 55 54 56 2 59.00 50. ; 54 56 66 2 101.00 50. ; 56 66 67 2 134.00 50. ; 66 67 68 2 167.00 50. ; 55 56 54 2 68.00 50. ; 54 57 59 2 63.00 50. ; 57 59 62 2 72.00 50. ; 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