;;; MARTINI 2.1 coarse-grained topology ;;;;; Martini lipid topology for Neisseria meningitidis Lipid A (Lipopolysaccharide) ;;;;;;;;;;; ; ; Reference(s): ; Ma, Huilin, Daniel D. Cummins, Natalie Brooke Edelstein, Jerry Gomez, Aliza Khan, Masud Dikita Llewellyn, Tara Picudella, ; Sarah Rose Willsey, and Shikha Nangia. "Modeling diversity in structures of bacterial outer membrane lipids." ; Journal of chemical theory and computation 13, 811-824 (2017). ; ; Created by Huilin Ma and Shikha Nangia 2017.01.12 ; ;---------------------Bead Map------------------- ;7-(6)Phosphate(5) Phosphate (12)-(13)-14 ; XYA (1-5)--4---8--SYB (8-12) ; 2 3 11 10 ; A B C D ; | | | | ; 15 22 26 33 ; | | | | | | ; 16 19 23 27 30 34 ; 17 20 24 28 31 35 ; 18 21 25 29 32 36 ;------------------------------------------------ [moleculetype] ;molname exclusions NMEN 1 [atoms] ; id type resnr residu atom cgnr charge 1 P2 1 XYA L1 1 0.000 ; 2 P4 1 XYA L2 2 0.000 ; 3 P4 1 XYA L3 3 0.000 ; 4 P1 1 XYA L4 4 0.000 ; 5 Qa 1 XYA POX1 5 -1.000 ; 6 Qa 1 XYA POX2 6 -1.000 ; 7 Qd 1 XYA QDX 7 1.000 ; 8 P2 1 SYB L8 8 0.000 ; 9 P1 1 SYB L9 9 0.000 ; 10 P1 1 SYB L10 10 0.000 ; 11 P5 1 SYB L11 11 0.000 ; 12 Qa 1 SYB POS1 12 -1.000 ; 13 Qa 1 SYB POS2 13 -1.000 ; 14 Qd 1 SYB QDS 14 1.000 ; 15 Na 1 LA1 LANA 15 0.000 ; 16 C1 1 LPA C1A1 16 0.000 ; 17 C1 1 LPA C2A1 17 0.000 ; 18 C1 1 LPA C3A1 18 0.000 ; 19 C1 1 LPA C1A2 19 0.000 ; 20 C1 1 LPA C2A2 20 0.000 ; 21 C1 1 LPA C3A2 21 0.000 ; 22 Na 1 LB1 LBNA 22 0.000 ; 23 C1 1 LPB C1B1 23 0.000 ; 24 C1 1 LPB C2B1 24 0.000 ; 25 C1 1 LPB C3B1 25 0.000 ; 26 Na 1 LC1 LCNA 26 0.000 ; 27 C1 1 LPC C1C1 27 0.000 ; 28 C1 1 LPC C2C1 28 0.000 ; 29 C1 1 LPC C3C1 29 0.000 ; 30 C1 1 LPC C1C2 30 0.000 ; 31 C1 1 LPC C2C2 31 0.000 ; 32 C1 1 LPC C3C2 32 0.000 ; 33 Na 1 LD1 LDNA 33 0.000 ; 34 C1 1 LPD C1D1 34 0.000 ; 35 C1 1 LPD C2D1 35 0.000 ; 36 C1 1 LPD C3D1 36 0.000 ; [ bonds ] ; i j funct length force.c. 9 10 1 0.470 5000 ; 9 8 1 0.300 5000 ; 8 10 1 0.300 5000 ; 10 12 1 0.320 5000 ; 8 11 1 0.470 5000 ; 10 33 1 0.470 1250 ; 34 33 1 0.470 1250 ; 34 35 1 0.470 1250 ; 35 36 1 0.470 1250 ; 11 26 1 0.470 1250 ; 26 27 1 0.470 5000 ; 27 28 1 0.470 1250 ; 28 29 1 0.470 1250 ; 26 30 1 0.470 1250 ; 30 31 1 0.470 1250 ; 31 32 1 0.470 1250 ; 8 4 1 0.470 5000 ; 4 1 1 0.320 5000 ; 4 3 1 0.320 5000 ; 1 3 1 0.320 5000 ; 1 5 1 0.320 5000 ; 1 2 1 0.320 1250 ; 2 15 1 0.470 1250 ; 15 16 1 0.470 5000 ; 16 17 1 0.470 1250 ; 17 18 1 0.470 1250 ; 15 19 1 0.470 1250 ; 19 20 1 0.470 1250 ; 20 21 1 0.470 1250 ; 3 22 1 0.470 1250 ; 22 23 1 0.470 1250 ; 23 24 1 0.470 1250 ; 24 25 1 0.470 1250 ; 12 13 1 0.470 1250 ; 13 14 1 0.470 1250 ; 5 6 1 0.470 1250 ; 6 7 1 0.470 1250 ; [angles] ; i j k funct angle force.c. 4 3 1 2 120.00 50. ; 3 1 5 2 120.00 50. ; 5 6 7 2 180.00 25. ; 8 4 3 2 107.00 50. ; 9 8 10 2 59.00 50. ; 9 10 8 2 68.00 50. ; 2 15 16 2 180.00 25. ; 16 17 18 2 180.00 25. ; 22 23 24 2 180.00 25. ; 23 24 25 2 180.00 25. ; 9 10 12 2 87.00 50. ; 8 11 26 2 180.00 25. ; 27 28 29 2 180.00 25. ; 27 26 30 2 120.00 50. ; 26 30 31 2 180.00 25. ; 30 31 32 2 180.00 25. ; 34 35 36 2 180.00 25. ; 8 10 33 2 101.00 50. ; 2 15 19 2 180.00 25. ; 15 19 20 2 180.00 25. ; 19 20 21 2 180.00 25. ; 16 15 19 2 120.00 50. ; 12 13 14 2 180.00 25. ;